גם בדרך השניה הדגש יהיה על לימוד עצמי של המקורות והתנסות של התלמידים, אך אופי הלימוד יהיה שונה: הלימוד יהיה אישי (בחברותות) ולא קבוצתי. יושם דגש על מתן חופש לימוד ויצירה לתלמידים – תוך פיתוח מיומנויות של קריאת טקסט, שימת לב לפרטים, הנסות ביסודות של 'ניתוח ספרותי' של אגדה, ובעיקר – חשיבה עצמית של התלמידים על משמעויות הסוגיא.
הלימוד יבוסס על לימוד עצמי שיתנהל בקבוצות. המורה יכוון את הלימוד בעזרת דפי עבודה: הדגש הלימודי יהיה על השוואה בין מקורות מקבילים בעזרת שאלות הכוונה. בדרך זו ה'חופש' של התלמידים יתבטא בעיקר בשלב האחרון, בו הם ינהלו דיון ביניהם על משמעותה של הסוגיא. בשלבים הראשוניים הלימוד יהיה מכוון ע"י המורה להבנה מסוימת של משמעות הסוגיא.